Cara memasak pepes ikan beraneka ragamnya. Salah satu yang paling banyak dilakukan di Indonesia adalah dengan cara di presto. Yaitu dikukus dengan panci kedap, agar ikan empuk sampai ke tulangnya dan rasa ikan lebih sedap.
Jika anda tidak memiliki panci presto, anda dapat juga memasaknya dengan cara dikukus di dandang pengukus nasi. Atau jika anda memiliki rice cooker, anda dapat juga mengukus pepes ikan ini dalam rice cooker.